La historia de Ensenada comienza desde los remotos tiempos del descubrimiento de América, determinando el asentamiento de sus antiguos pobladores por su lugar de privilegio costero.
En el viaje de exploración que Magallanes realizó al Río de Plata en el año 1520 descubrió la Caleta de Ensenada.
En 1580 Juan de Garay distribuye para chacras y estancias en los alrededores de Buenos Aires y, entre ellas, asigna las del ¨Valle de Santa Ana¨ (más tarde pago de la Magdalena), donde hoy se asientan Magdalena y Ensenada. Medio siglo después, Bartolomé López vende parte de las tierras que le concedió en 1618 el gobernador Hernandarias de Savedra. El comprador era Antonio Gutiérrez Barragán, quien inicia una dinastía.
El primer Barragán coloniza el lugar y establece una estancia que conservarían sus descendientes. A partir de ese momento, este apellido estará asociado indivisiblemente al de la ciudad. Desde entonces, los vecinos llamarían al lugar Ensenada de Barragán.
El primer reconocimiento formal de la zona lo realiza en 1727 el práctico Juan Antonio Guerrero cuando entra con su buque al abrigo de la Ensenada, surcando el ¨Río Santiago¨ y el canal ¨El Zanjón ¨. Tres años después, el gobernador de Buenos Aires, Bruno Mauricio de Zabala le envía una carta al rey español contando las grandes cualidades portuarias que poseía el paraje.
El nuevo puerto necesitaba de una fortificación para su resguardo, ésta es erigida en el año 1731 y estaba ubicada a la entrada de la Ensenada. En el año 1734 se libra una batalla que duró 14hs, rechazando a los invasores portugueses. Este fuerte se convirtió en el centro del creciente pueblo.
En 1789, una impetuosa creciente del río derrumbaba los muros del fuerte dando fin a esta primigenia estructura. Inmediatamente, el Marqués Loreto ordenó reconstruirlo. Pero recién en 1800, bajo el gobierno del Marques de Avilés, se reinició el establecimiento de una nueva batería, obra que fue terminada el 4 de julio de 1801.
Al mantenerse en el fuerte una guardia militar, se establecieron las bases para el nacimiento del pueblo, estimulado también por los flamantes saladeros. Alrededor de esta industria se afincaron los primeros vecinos y, lentamente, fueron surgiendo los primeros comercios.
El 2 de enero de 1801, el virrey Marqués de Avilés encargó al ingeniero voluntario Pedro Antonio Cerviño que practicara un ¨prolijo reconocimiento del terreno donde debe situarse el nuevo pueblo, señalando el lugar más aparente para plaza, iglesia y casas capitulares¨. La traza proyectada por Cerviño se aprobó del 5 de mayo de 1801, tomándose como fecha fundacional de la ciudad de Ensenada.
En 1806 al producirse la Primera Invasión Inglesa comandaba el Fuerte el Capitán de Navío Santiago de Liniers que, con sus tropas repelieron el intento de desembarco. En 1807, obedeciendo a una estrategia militar de Liniers, se permitió el desembarco inglés para dificultar su llegar a Buenos Aires.
Los hombres del Gobierno de 1810 (Primera Junta) creían que lo más acertado era instalar un saladero en Ensenada, mucho mejor que hacerlo a orillas del Riachuelo.
El 5 de junio de 1810, la Primera Junta decreta la habilitación del Puerto de la Ensenada con rebajas del 2% en los derechos de extracción de los cueros vacunos.
Todo esto dio origen a la instalación del primer saladero en Ensenada que perteneció a Roberto Staples, Juan MC Neile y Pedro Trapani. Estaba ubicado al este del Partido y fue construido en terrenos adquiridos a María Cipriana Sosa e Isabel Ferreira. Lo invertido por terrenos, ladrillos y madera fue en el orden de los siete mil trescientos duros; en sal, duelería y alquería nueve mil duros y en esclavos mil quinientos duros. El personal era de ocho toneleros, dos carpinteros, cuatro peones y personal de maestranza.
No se tiene noticias que antes de 1815 haya funcionado otro saladero en el actual territorio nacional. Después de ese año, los saladeros se extendieron desde Barracas al Sur hasta Ensenada, siendo el principal entre todos los perteneciente a la Sociedad «Rosas, Terreno y Cía.», propiedad de Juan Manuel de Rosas, Nepomuceno Terrero y Luis Dorrego bajo el nombre «Las higueritas» y estaba ubicado en el Partido de Quilmes.
En 1821, Pedro Trapani se independizó de la sociedad del primer saladero ensenadense y se instaló dónde hoy es Cambaceres, sobre el arroyo Doña Flora con su propio saladero, que llegó a ocupar hasta doscientos hombres entre 1821 y 1826. Con la caída de Rivadavia en 1827 sobrevino una fuerte crisis que obligó a Trapani a levantar el saladero para instalar otro en la boca del Riachuelo.
Siendo secretario del Primer Triunvirato primero y después como ministro de Martín Rodríguez, Bernardino Rivadavia tuvo una preocupación constante con Ensenada y tomó partido por su futuro. Interesándose principalmente en su puerto mandó al ingeniero Santiago Bevans para que levantara el plano de la bahía y puerto, como gran puerto natural y de aguas profundas que existía en ambas orillas del Río de la Plata. Bevans realizó estudios ordenados, presentó los planos y proyecto de camino de acceso al puerto a través de los bañados. A esta época corresponde la construcción del camino Blanco (hoy Camino Rivadavia, que comunica Ensenada con La Plata) en la que sirvieron como mano de obra prisioneros brasileños, traídos por el general Alvear.
En 1821, la creación del Juzgado de Paz puso en evidencia la notoriedad que cobró la zona con motivo de tener que elegir sus representantes para la constitución de la Cámara de Representantes de la provincia de Buenos Aires. En 1827 Ensenada elige y envía los suyos para formar parte de la primera Sección Electoral. Al carecer de asistencia religiosa en 1838 se envió al Presbítero José Antonio Pérez como cura vicario del partido para cumplir su misión con los vecinos de la zona.
En 1855 se le encomendó a Pedro Benoit, reconstruir el Fuerte transformándolo en Lazareto.
El 17 de febrero de 1856 el Gobierno de la Provincia de Buenos Aires declara a Ensenada cabecera de Partido, instalándose en forma regular el Municipio encargado de la distribución de tierras previa intervención del Escribano Venancio Luján.
Las mensajerías abrieron el 17 de junio de 1859 un servicio a Magdalena pasando por la Ensenada de Barragán. Durante 1862 se dictaron varias resoluciones relacionadas con el trazado y la concesión del Ferrocarril a la Ensenada y, en mayo de 1863, se aprobó la traza entre la Boca y la Ensenada y, más tarde, se transfirió dicha concesión al señor William Wheelwright (ciudadano norteamericano muy amigo de Rivadavia) quien concluye el primer tramo a Quilmes y luego hasta el muelle de Punta Lara, donde llega bajo el gobierno de Sarmiento el 31 de diciembre de 1872.
Durante 1867 existían almacenes por mayor y menor, panaderías, confiterías, zapatillerías, herrerías, a las que se calificaban por carteles y de acuerdo a su categoría.
En esta misma época un destacado vecino, el señor Laborde, instaló en un edificio con azotea un hotel, en locales contiguos una tienda, un almacén de comestibles y bebidas, una ferretería, una confitería y un billar, también decidió mediante la compra de una galera -la «Bella Ensenada»- inauguran un servicio entre esa ciudad y Buenos Aires.
La epidemia de cólera de 1868 originó la organización de una Comisión de Sanidad integrada por distinguidos vecinos que tuvo a su cargo la redacción de un reglamento para evitar su propagación. Al año siguiente abrió sus puertas la primera farmacia de don Francisco Cestino.
Entre 1871 y 1875 funcionaron en la Ensenada dos saladeros: el de Juan Berisso y el de Antonio Cambaceres, éste se inauguró en 1872 con el nombre de «3 de Febrero» e introdujo métodos mecánicos y físicos revolucionarios para la época.
El 10 de Abril de 1875 hizo su aparición el semanario «El Porvenir» publicación de carácter local. La autorización del telégrafo de Ensenada llegó en 1876 y en ese mismo año un grupo de personas dejó constituido el Consejo Escolar del Distrito de la Ensenada, bajo la presidencia del cura párroco don Próspero Ferrara.
En mayo de 1882, Dardo Rocha declara al Municipio de Ensenada como capital provisional de la provincia de Buenos Aires.
Por ley del 3 de setiembre de 1883 la Legislatura provincial expropió una lonja de terreno comprendida dentro del área de los mil doscientos metros frente al Río Santiago para la construcción del Puerto de la Ensenada, la que se prolongó hasta 1890.
Como el Puerto de Buenos Aires aún no se había inaugurado, el de La Plata (que así comenzó a llamárselo) alcanzó un éxito efímero ya que la inauguración definitiva del Puerto Madero marcó su decadencia. Estas son las razones que impulsan a la Provincia a entrar en tratativas con el Gobierno Nacional para que éste adquiera el Puerto.
El acuerdo se logra en octubre de 1904, ya que el Gobierno Nacional al ver lo insuficiente que resultaba el Puerto de Buenos Aires quería utilizar el de La Plata como complemento y, es así que fueron utilizados sus muelles para buques de guerra, las instalaciones para el manejo del carbón, etc., Dejando de funcionar como puerto de cabecera e ir transformándose de a poco en puerto industrial.
También a principios de siglo se instalan en Ensenada la Base Naval, la Escuela Naval, el Liceo Naval y el Hospital Naval. El proyecto del Gobierno para emplazar un balneario en Punta Lara data del año 1922.
En 1923 el Gobierno Nacional cede tierras de su propiedad a la Secretaría de Marina para la instalación en la margen derecha del Río Santiago de un astillero, siendo este el origen de Astilleros y Fábricas Navales del Estado S.A. (AFNE S.A.), el que años más tarde es transferido al Gobierno de la Provincia por medio de un Contrato de Transferencia firmado por ambos gobiernos (nacional y provincial) del 26 de agosto de 1993 y aprobado por los decretos 1.787/93 y 3.826/94 respectivamente.
Luego de las gestiones realizadas por el General Enrique Moscón y firmados los convenios con las empresas constructoras, los materiales provenientes de los Estados Unidos comenzaron a llegar al Puerto, concretándose en diciembre de 1925 la primera destilería de Yacimientos Petrolíferos Fiscales (YPF).
El Fuerte Barragán, es designado Monumento Histórico Nacional por una disposición del año 1942.
Por Decreto 12.366 del 17 de julio de 1957 se creó el Partido de Ensenada. El emplazamiento de grandes empresas ha generado uno de los polos industriales más importantes del país, dándole al Distrito un lugar fundamental dentro del desarrollo nacional.
El 1 º de junio de 1991 se firma el Convenio de Transferencia de Puertos Nación Provincia (ratificado por Ley 11.206 del 27/2/92) en el que se traspasa a la Provincia la administración y explotación de los puertos de la Nación, pero no el dominio. Es decir, que quedan sometidos a la jurisdicción de las autoridades nacionales. Las bases de explotación y operación se fijaron a través del Decreto 1579/92.
Esta zona franca tendrá como objetivo impulsar el comercio y la actividad industrial exportadora, pudiendo desarrollarse actividades de almacenaje, comerciales, de servicios e industriales; ésta última con el único objeto de exportar la mercadería resultante a terceros países. Dichas disposiciones quedan reglamentadas por Ley 24.331.